U najudaljenijim krajevima svijeta, magija još uvijek postoji, utjelovljena u duhovima zemlje, neba i svake druge prirodne stvari. Kako se velike europske sile sve više i više šire sa svojim kolonijalnim carstvima, neizbježno će htjeti osvojiti i mjesto gdje duhovi još uvijek imaju moć, a kada to učine, zemlja će se uzvratiti skupa s otočanima koji tamo žive.

Spirit Island je složena i tematska kooperativna igra o obrani vašeg otoka od kolonizacijskih osvajača. Igrači su različiti duhovi zemlje, svaki sa svojim jedinstvenim elementarnim moćima. Na svakom potezu, igrači istodobno odabiru koju će od svojih karata moći igrati, plaćajući energijom. Koristeći kombinacije karata moći koje odgovaraju elementarnim afinitetima duhova, možete osvojiti besplatne bonus efekte. Brže moći stupaju na snagu odmah, prije nego što su se osvajači proširili i krenuli s pustošenjem, ali su druge su magije sporije, zahtijevaju promišljanje i planiranje za učinkovito korištenje. U Duhovnoj fazi duhovi dobivaju energiju i biraju kako će i hoće li rasti: koristiti iskorištene energetske karte, tražiti nove moći ili širiti prisutnost na nova područja otoka.

Osvajači se šire po mapi otoka na polu-predvidiv način. Na svakom potezu istražuju u nekim područjima (dijelovima otoka). U sljedećem potezu graditi će u tim područjima, formirajući naselja i gradove. Na potezu nakon toga, pustošiti će, donoseći pošast na zemlju i napadajući sve prisutne otočane.

Kada su napadnuti, otočani se bore protiv osvajača i pružaju duhovima neku drugu pomoć, ali je ne moraju uvijek pružati točno onako kako ste se nadali. Neke moći djeluju preko otočana, pomažući im: npr. Da izbace osvajače ili očiste zemlju od pošasti.

Igra eskalira kako napreduje: duhovi šire svoju prisutnost na nove dijelove otoka i traže nove i još jače moći, dok osvajači pojačavaju svoje napore kolonizacije. Svaki potez predstavlja 1-3 godine alternativne povijesti.

Na početku igre, pobjeda zahtijeva uništavanje svakog preostalog naselja ili grada na ploči – ali kako sve više plašite osvajače, pobjeda postaje lakša: oni će pobjeći čak i ako ostane određen broj naselja ili gradova. Poraženi ste ako je bilo koji duh uništen, ako je otok preplavljen pošasti, ili ako je potrošen kup karata osvajača prije pobjede.

Igra uključuje različite protivnike protiv kojih se može boriti (npr. Švedska rudarska kolonija ili udaljena britanska kolonija). Svaka se promjena igra na različiti način i nudi drugačiji slijed poteškoća pojačavajući izazovnost igre kako vještine igrača jačaju.